Viện ứng dụng Khoa học công nghệ và Đào tạo Mekong là tổ chức Khoa học công nghệ hoạt động theo quy định của Luật Khoa học và Công nghệ số 29/2013/QH13, trực thuộc Sở Khoa học và Công nghệ Thành phố Hồ Chí Minh. Viện ứng dụng Khoa học công nghệ và Đào tạo Mekong ra đời với sứ mệnh là tổ chức nghiên cứu khoa học công nghệ đa ngành; nghiên cứu chuyển giao khoa học công nghệ từ các công trình nghiên cứu đề tài/dự án trong các lĩnh vực nông nghiệp và khoa học kỹ thuật các chuyên ngành công nghệ sinh học, công nghệ môi trường, kinh tế, tài chính, công nghệ thông tin, cơ khí máy móc và khoa học xã hội nhân văn.
Nghiên cứu, tư vấn chính sách liên quan đến đào tạo phát triển nguồn nhân lực tại các địa phương, chiến lược phát triển du lịch, văn hoá bền vững, kết nối thị trường khoa học công nghệ, cung cấp các dịch vụ khoa học công nghệ và tổ chức Hội nghị, Hội thảo, Diễn đàn khoa học gắn kết nhiệm vụ khoa học công nghệ với thực tiễn và chuyển giao quy trình sản xuất. Tổ chức nghiên cứu các hoạt động liên quan đến ẩm thực và R&D, công nghiệp thực phẩm, khoa học dinh dưỡng và sức khoẻ.
Đào tạo và liên kết đào tạo các chuyên ngành ngắn hạn, đào tạo nâng cao nghiệp vụ, đào tạo theo nhu cầu doanh nghiệp và địa phương.
Tổ chức các nhóm nghiên cứu mạnh để tiến hành công bố công trình nghiên cứu trong và ngoài nước.
Liên kết với các tổ chức, nguồn lực khoa học trong và ngoài nước theo luật định.